根据李根源事后回忆，他这个起义军副总司令和蔡锷的起义军总司令，都是在攻下五华山之后才加冕的。全本小说网不同亲历者的回忆在细节上都有模糊点，这带来了许多学者的持久争论。
李根源最初的工作是领导讲武堂学生。但他担心第七十三标失控，这支部队只有李鸿祥领导的第三营属于革命派，其他第一、二营包括标统丁锦都是支持清廷的。因此他坚持要去领导第七十三标，而把讲武堂的指挥权交给了顾品珍。事前和事后都证明，丁锦是块硬骨头。而最早与起义军交战的，也是第七十三标内部。
在军中并无任职的李根源，他的自信来自其在云南军中的威望。讲武堂的短期培训，已经为云南的十九镇新军输送了不少下级军官。李根源、李鸿祥先动起来，战争格局才正式拉开。
起义后成立的大汉云南军政府，设立一院、三部，诸将也开始排资历，论功行赏、加官晋爵。就像今天搞综合排名一样，战役中首功的将领自然非李根源莫属，但影响力又以蔡锷为第一，于是蔡锷做了都督，而李根源则控制了军政府的实权，当上了军政部长和参议院长，次长为唐继尧。之后，李根源以滇军第二师师长的名义与张光远谈判。回到昆明没多久，1912年，他就离开了云南，入京做国会议员。之后长达十几年的时间里，李根源很少再回到云南来，他选择了四处游山玩水，直到抗日战争才复出。他离开云南的原因至今仍是一个谜。不管是他本人，还是其他亲历者，都很少言及离开一事。但纵观史料，他为蔡锷让权的可能性极大。一山难容二虎，蔡锷本身在云南军队中就没有实权，李根源在重九起义和其后的滇西会谈中，都显示出了绝对的实力。辛亥革命中，各省独立，都督一级皆以本地人为主，所以当时滇人治滇的呼声很高，云南籍将领占了百分之九十以上，李根源是呼之欲出的人物。李根源无意争这一席位，这与当初他推荐蔡锷到云南来的初衷一致。而他赏人识人的这一品质，受到朱德的终生推崇。
此外，革命军内部的分歧也让李根源失望。打下江山后，怎么分利益？非常难。而暴力革命带来的负面效应也让李根源开始谋求政治救国。重九起义的杀戮以及革命让自己家乡腾冲陷入另一种暴力之后，李根源内心受到很大的触动。他愿意去做国会议员，目的是想从政治上找到为中国谋前途的方法，其后他到日本，入早稻田学政治，钻研欧事，在孙中山组建中华革命党时，还呼吁孙中山停止暴力革命，寻求以政治救国。当时支持他的人，有许多后来的国民党精英，如黄兴、章士钊、李烈钧、陈炯明等，这也是李根源后来与其他派系军阀交往很深的缘由。孙中山先是求政治改革遭到否决才走上革命道路的，他不同意李根源也有原因。灵魂人物对路径的选择不同，对中国的整体发展都产生了不可估量的影响，这些争论永远都不会停止。
1912年，云南政局稳定后，军政府开始采取一系列外援措施。援川、征藏、援黔、援鄂，而援黔让唐继尧有了抬头的机会。北伐军是在援川后组建的，起初唐继尧担任总司令的北伐军并没有入贵州的计划，只想取道泸州，与援川军会师后赶往湖北。1912年1月27日，北伐军出师之日，数千民众送行，寄语“不平胡虏，请勿生还”。这个时候，蔡锷临时决定出师贵州。
贵州是通过不流血的革命赶走清廷统治者的，当时主力军主要是民间力量耆老会、宪政会、自治学社和哥老会等。起义成功后，他们也面临着分权问题。宪政派代表戴戡等人先是发电到昆明请求支援，后又到昆明请求出兵镇压贵州匪类，匪类其实是哥老会、自治学社等组织。蔡锷表现出对江湖门派一贯的态度，决定出师贵州。但后来蔡锷了解到川情紧急，而贵州内部两派斗争激烈，几次急电，命令唐继尧停止进黔，立即改道。但唐继尧一意入黔，到了贵州后，仅仅用了一天时间就控制了局势。许多回忆者对滇军在贵州杀数千人心有余悸，“一将功成万骨枯”。
1912年3月4日，贵州宪政会、耆老会启动贵州省议会，选举唐继尧为都督。在蔡锷之后，唐继尧成为第二个到外省任都督之人。老派的研究者抓着唐继尧到贵州任都督一事不放，认为这是“窃取”之举。但蔡锷认可了唐继尧的这一决定，并为他筹备了五万两军饷，以支持和维护唐继尧在贵州的统治。
唐继尧以贵州为跳板，骤然升格为辛亥革命一级将领。1913年，蔡锷赴京，加之此前李根源就任国会议员，唐继尧成为云南都督的不二人选。是年11月3日，唐继尧离开贵州，回昆明就任云南都督，开始了他的“东大陆主人”生涯。
滇军的外援计划，从其后的历史看，是具有积极作用的。在反袁世凯的滇军高层秘密会议中，有一条是，如果
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