我认为，这是由于在第三次忍界大战中，乃至第二次忍界大战到第三次忍界大战那短暂的和平时期，木叶有着严重的战略问题。对于第三次忍界大战，我们或多或少了解一些，我们知道在三战中，木叶与岩、云、砂以及雾之间都有过战争。火影的世界本来就只有五大国，火之国就与其他四国都发生过战争。虽然不能保证是同时多线作战。但这个外交战略做得有够差的是没跑了。即使，这个锅的直接原因不在于猿飞日斩，但他作为火之国的最高军事长官必然要承担责任。虽然最后仗是打赢了。但他依旧有责任，内心也有愧疚。虽然责任是整个木叶领导集团的，但他是决策发布者。
因此，三代目火影决定退位让贤。那么让给谁呢？
既然是因为战略失误的责任是领导层的，那么同样身为顾问的团藏自然就无缘下任火影了。大蛇丸的问题刚才已经说过了。纲手的恐血症还没好，选五代时是没办法，如今有更好的人选自然它也只能说拜拜了。
那么只剩下四个人了，自来也、宇智波富岳、还有水门夫妇。
自来也当时坚信水门是预言之子，还满世界宣传。连四代雷影都知道。
比起他认为鸣人是预言之子是临终时才决定的来看。水门不知比鸣人高到哪里去了。既然如此，自来也自然不会跟水门抢。同理奇奈也不会跟自己老公抢。
如此说来只剩下宇智波富岳跟波风水门了。
宇智波富岳跟波风水门谁强呢？废话，当然是水门咯。虽然富岳是个年近三十岁才开了万花筒的男人。当然啦富岳开万花筒是参考了《鼬真传》的设定。（据说官方《鼬真传》里并没有说富岳有万花筒，他的万花筒是动画制作组自己加上的。）如果只按700话漫画，富岳连个万花筒都没有。为什么我说“富岳是个年近三十岁才开了万花筒的男人”？同样来自鼬真传。富岳对鼬说了：在第三次忍界大战时，他开了万花筒。
第三次忍界大战的时间时木叶46-49年，对于出生于木叶19年的宇智波富岳来说，他最早开万花筒写轮眼的年纪是27岁。带土跟鼬都是13岁开万花筒，佐助是16岁，止水大概率是18岁以前(因为我认为止水只比鼬大5岁)。对于火影这个少年天才遍地走的世界，我想大家都知道27岁晚不晚。再者，就算富岳有万花筒又如何？有万花筒就能胜过水门？他又不是斑爷。
实际上也不用说这么多，从玖辛奈是九尾人柱力这件事只有木叶高层跟水门知道，而三忍跟富岳不知道就可以看出。将水门培养为四代目火影是木叶的一个长久计划。一句没有人柱力支持或不能克制尾兽，就把其他人压的死死的。不夸张地说在水门从云隐忍者里救下玖辛奈的那晚，他就已经是四代目火影了，上位只是迟早的事。
还记得在第三次忍界大战的头一年，水门大战云隐AB兄弟后，水门对A说的话吗？
啊，帅气的波风水门。“水门可是几十年难得一见的天才，那样的天才恐怕很难再现了。虽然是个温柔的男人，但意志却很坚毅，所以很快便成为了四代火影。没有当过父母所以不太清楚，如果他是我的孩子的话，一定会让我很骄傲的吧。”——自来也
从水门侧说了那么多，我们再来从三代目火影猿飞日斩方面说一说。
木叶49年时，水门23岁，猿飞日斩55岁，猿飞阿斯玛14岁。如果木叶丸是在他父亲24岁时出生的，那这个阿斯玛的兄长就是出生在木叶30年，此时19岁。当然木叶丸的父亲也可能更大一点。但是多不过，他跟水门时一代人。
那么我问你，水门与日斩这个年龄差距，外加水门那般的实力，三代就那么有自信？让四代做个傀儡，然后控制四代？如果不是为了保护木叶，你觉得四代会死？在其他战场上，四代虽然不一定获胜但怎么样也能活着回来，而三代就不一定了。如果他将来能在水门活着的情况下让自己儿子上位，那他就根本不用下位。如果他真的有这个心，难道不该找个更容易控制的。再者木叶丸他父亲是在三代继续当火影这段时间死掉的，如果三代是一心想让儿子上位，在和平年代，至于吗？难道不是找些好看又安全的任务刷政绩？
三代始终为九尾之乱那晚没帮到水门而导致水门夫妇惨死而愧疚自责，并且对水门抱有极大的敬意。在木叶毁灭计划时，三代与红豆的谈话也说明了这点：
但是你们忘了吗？在那一晚，三代的妻子也惨死在带土手里。人柱力分娩有着极大的风险，三代让他妻子去给玖辛奈接生，这是要有极大的觉悟的。
而面对秽土出来的千手柱间使用的黑暗行之术，三代脑中又浮现出了四代的面庞：
而水门对待这位长者也是充满信任。在安抚好鸣人跟玖辛奈后，水门想到的是尽快通知三代：
与此同时，面对狂暴的九尾三代的反应也是在呼喊：“水门在哪里？”
到了秽土转生四火影的时候，水门也为自己的过早去世而对三代愧疚，并打断了三代火影对佐助的自责之语；
如果水门真是受制于三代的傀儡，会是这种反应？
既然水门不是三代的傀儡，为什么在四代火影上位后，三代还有自己的暗部？
因为，这是为了保护水门，是为了实现木叶的权力安安稳稳地向四代过渡的一种手段。
三代火影虽然在施政风格上偏于和缓，但也绝不是没有手腕的人。在二代火影去世，木叶相对衰落的过去，三代火影默许团藏单独组建了直属自己的独立组织“根”。这是为了木叶的长治久安。但是到了第三次忍界大战后，面对实力增长后的木叶，这样的局面却不利木叶的长治久安。再者团藏暗地里搞小动作，妄图使战争扩大的举措也不利于木叶发展。昔日的盟友随着时间流逝如今也便做了敌人。为了让温和稳健派的下一任代表—波风水门更好地执政，为木叶百年大业计，三代只能徐徐地缩减团藏的权力。既然水门上位后，团藏也不会裁减“根”，那么让对手从1/2，变作1/3不是很好的吗？自己阵营的力量得到了一次巨大的加强。
如果水门一上任三代就完全放手，团藏必然乘虚向水门所选择的暗部进行渗透，水门只会更惨。因而三代无论出于何种缘由，都必须保证团藏不对木叶进行过分干涉，那么他也只有当这个实权的太上皇，才能保证水门有朝一日能够完完全全掌控局面，这也是没办法的事情。
可以说，在水门突然殒命前，三代的表现是游刃有余。不仅给木叶找了位将来的好掌舵人，也给了昔日的盟友如今的政敌以面子。而自己激流勇退，让优秀晚辈挑大梁，自己从旁协助的举措，不失为一种长者的政治智慧。
可惜水门还是突然去世了。
为了维护经过九尾之乱后村子的稳健统治，尤其是村子里也再难以找到水门这样的人才，应该说整个忍界都没有水门这样的人才了。三代只能硬着头皮再次担任火影了。这个决定，可能比他当年要退位
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